Mitsouko & Mitsuko inizia con gli aneddoti di Mitsouko Yorisaka, un personaggio di un romanzo orientalista francese ambientato a Nagasaki durante la guerra russo-giapponese. Introduce anche una donna, conosciuta come Mitsuko Coudenhove-Kalergi, che si trasferì a Vienna durante il periodo dell’impero austro-ungarico. Entrambe le donne incarnano l'ambivalenza tra il Giapponismo e il Pericolo Giallo in Occidente. Il racconto traccia la lotta antitetica tra idealizzazione e realtà nel mezzo della rapida modernizzazione del Giappone. 
Matsune trova sorprendenti connessioni tra gli eventi storici e i mondi immaginari rappresentati nei romanzi, nei film e negli spettacoli teatrali dell'epoca. La sua indagine segue il viaggio del figlio di Mitsuko, il pensatore politico e scrittore Richard Coudenhove-Kalergi, insieme a Ida Roland, sua moglie ebrea che era un'attrice viennese di successo. La loro ideologia politica, che aspirava all'unificazione dell'Europa, si opponeva al nazionalsocialismo e portò entrambi a dover fuggire dall'Austria. 
Attraverso il suo approccio molto personale e unico, Michikazu Matsune riflette su alcune delle difficoltà della storia in un contesto globale, e si interroga sul messaggio che queste storie portano per noi nel presente.