Reconnu dans le monde entier comme l'un des interprètes de référence pour la musique historiquement informée, il allie rigueur stylistique, polyvalence et virtuosité. Il étudie à Zurich, Paris et Crémone, où il obtient quatre diplômes avec mention. Il commence sa carrière comme concertiste d'orgue, interprétant à plusieurs reprises l'intégrale des œuvres de Bach, Buxtehude, Mozart, Mendelssohn, Franck et Liszt. En 1993, il devient directeur permanent des ensembles vocaux et instrumentaux de la Radio-Télévision suisse, avec lesquels il réalise une production monumentale de 250 titres, de la Renaissance au XXe siècle. Depuis 1998, il dirige I Barocchisti, un ensemble jouant sur des instruments historiques qu'il a fondé avec son épouse Adriana Brambilla, prématurément disparue, à qui il a dédié en 2013 une fondation caritative pour le soutien des jeunes musiciens. Il collabore en tant que chef invité avec des formations de premier plan et des voix importantes de la scène internationale. Il travaille notamment avec la mezzo-soprano Cecilia Bartoli sur des projets de grande envergure, des enregistrements audio et vidéo et des tournées de concerts, dont la dernière était consacrée aux compositeurs italiens et allemands présents dans les archives de Saint-Pétersbourg. Depuis 2012, il se produit régulièrement au Festival de Salzbourg avec des concerts et des opéras de Palestrina à Rossini, de Haendel à Schubert. En 2016, la Scala lui confie la création d'un orchestre avec des instruments originaux, qu'il dirige dans Le Triomphe du Temps et de la Disillusion et dans Tamerlan de Haendel avec Placido Domingo. La même année, il reprend le flambeau de Nikolaus Harnoncourt en interprétant trois fois la Neuvième Symphonie de Beethoven au Musikverein de Vienne avec le Concentus musicus Wien et l'Arnold Schoenberg Chor. En 2011, le pape Benoît XVI lui décerne un doctorat honoris causa pour son engagement dans l'interprétation de la musique sacrée. Il possède une discographie impressionnante comprenant plus de 120 titres qui lui ont valu des disques d'or, le Grand prix du Disque, l'Echo Klassik, une nomination aux Grammy Awards et aux International Opera Awards. En 2023, il reçoit le Doron Preis.